2001年度の税制改正により、2002年12月31日で源泉分離課税は廃止されました。それにより株式等の譲渡益に対する課税（給与や不動産、配当金などの所得と分離して課税されます）は、申告分離課税のみとなりました。

　2003年3月までは、1回の支払い額が5万円以下のものは20%の源泉徴収され、金額が大きい場合は、総合課税で、最高50%の税率がかかる事もありました。しかし、2003年4月から配当への税率が10%になりました。2008年以降は20%となります。

　2003年より、損失を3年間は翌年の利益と相殺して税金の申告をする事ができるようになりました。基本的に、自分で税務署に申告するですが、2003年から「特定口座」という制度ができ、「特定口座」の「源泉徴収あり」を選ぶと自分で申告しなくても、証券会社が代わりに申告してくれます。

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